Химия / Базовые химические расчеты

Конкурентное ингибирование: кажущийся Kₘ и неизменный Vmax

В простой модели обратимого конкурентного ингибирования субстрат и ингибитор взаимно исключают связывание со свободным ферментом. Кажущийся Kₘ возрастает вα раз, а предельная скорость Vmax сохраняется.

Опубликовано: Обновлено:

Формула

$$v=\frac{V_{max}[S]}{\alpha K_m+[S]},\qquad \alpha=1+\frac{[I]}{K_i}$$
Схема Сдвиг кривой без изменения предела
Сдвиг кривой без изменения пределаv,мкмоль/(л·мин)1000816[S],ммоль/лбез Iα=4

Vmax=100, Km=2, α=4. Точки при[S]=0,2,4,8,16 ммоль/л; верхняя кривая без ингибитора.

Обозначения

$v,Vmax$
начальная и предельная скорости, моль/(л·с) либо одинаковые единицы скорости
$[S]$
свободная концентрация субстрата, моль/л
$[I]$
свободная концентрация ингибитора, моль/л
$Km$
параметр Михаэлиса без ингибитора, моль/л
$Ki$
константа диссоциации комплекса EI, моль/л
$α$
множитель увеличения кажущегося Km, 1

Условия применения

Принята обратимая конкурентная схема:EI не образует продукт, ингибитор связывается со свободным ферментом и не с ES. Измеряются начальные скорости при постоянной общей концентрации активного фермента. Свободные[S] и[I] известны, продукт ещё не влияет на обратную реакцию.

Ограничения

Тесное связывание способно заметно уменьшать свободный[I] по сравнению с внесённым общим количеством. Смешанное, необратимое или времязависимое ингибирование требует иных моделей. Одного замедления реакции недостаточно, чтобы доказать конкурентный механизм.

Подробное объяснение

Без ингибитора скорость описывается v=Vmax[S]/(Km+[S]). При взаимно исключающем связывании EI уменьшает доступную свободную долю фермента, и в знаменателе появляется множительα=1+[I]/Ki перед Km. Это изменяет положение кривой по концентрации, но не её предельную высоту.

Половина Vmax достигается при[S]=αKm. Поэтому кажущийся Km,app=αKm растёт с[I]. Сам параметр Km исходной схемы не меняется: меняется наблюдаемая концентрация полунасыщения в присутствии конкурента. Чем меньше Ki, тем больше эффект при одинаковом свободном[I].

При[S]→∞ член[S] преобладает и v→Vmax. В рамках модели избыток субстрата вытесняет конкурентный эффект. Это математический предел данной схемы, а не общий практический способ управления любой ферментной системой: возможны другие режимы, ограничения растворимости и субстратное ингибирование.

Для количественной проверки используют несколько[S] и[I], общие параметры и анализ остатков. Двойные обратные графики наглядны, но усиливают ошибки малых скоростей. Оценка одной точки не позволяет надёжно отличить конкурентную модель от других причин уменьшения активности.

Как пользоваться формулой

  1. Проверьте, что исследуется начальная скорость и обратимая конкурентная схема; различайте свободную и общую концентрации ингибитора.
  2. Приведите[S], [I], Km и Ki к одной единице концентрации, затем найдите безразмерноеα=1+[I]/Ki.
  3. Вычислите кажущийся Km какαKm и подставьте его в уравнение скорости, сохранив исходное Vmax неизменным.
  4. Сравните расчёт с несколькими концентрациями субстрата; проверьте полунасыщение и общий предел, прежде чем трактовать механизм.

Историческая справка

Кинетика ферментов развивалась в XX веке как количественное исследование связывания и превращения субстрата. Модель насыщения дала возможность разделять предельную скорость и концентрацию полунасыщения, а изучение ингибиторов потребовало добавить альтернативные комплексы фермента.

В современной учебной классификации обратимые модели различают по тому, какие формы фермента связывают ингибитор. Конкурентная схема выделяется сохранением Vmax и ростом кажущегося Km. Книга TU Delft «Biochemistry», глава об управлении ферментами, выводит эту зависимость черезα и константу диссоциации EI.

Такая классификация является идеализацией наблюдаемых скоростей. Современная обработка данных сравнивает целые серии и проверяет остатки, вместо определения механизма по одной точке. Формула остаётся полезной именно вместе с условиями свободных концентраций, начального участка реакции и обратимости связывания.

Историческая линия формулы

Соотношение относится к развитию кинетики Михаэлиса — Ментен и моделей обратимого ингибирования. Оно не приписывается автоматически авторам базового уравнения насыщения. Здесь используется стандартная конкурентная схема из современного университетского учебника.

Пример

Пусть Vmax=100 мкмоль/(л·мин), Km=2 ммоль/л, Ki=1 ммоль/л, свободный[I]=3 ммоль/л. Тогдаα=1+3/1=4 и Km,app=8 ммоль/л. При[S]=2 ммоль/л скорость с ингибитором v=100·2/(8+2)=20 мкмоль/(л·мин); без ингибитора 100·2/(2+2)=50 в тех же единицах. При[S]=8 ммоль/л ингибированная скорость 100·8/(8+8)=50, ровно половина Vmax. Проверка предела: при росте[S] отношение[S]/(8+[S]) стремится к 1, а не к 1/4. Множительα снижает скорость по-разному в разных частях кривой и не является постоянным делителем всех значений. Все три сравнения сохраняют одну и ту же концентрацию активного фермента.

Частая ошибка

Не делите Vmax наα в конкурентной модели. Не называйте внесённый общий[I] свободным без проверки. Не меняйте единицы только у одной концентрации. Не считайте снижение одной скорости доказательством конкурентности. Не путайте кажущийся Km с изменением количества активного фермента.

Практика

Задачи с решением

Константа ингибитора

Условие. Km=2 ммоль/л, Km,app=6 ммоль/л при[I]=4 ммоль/л. Найдите Ki.

Решение. α=6/2=3. Изα−1=[I]/Ki получаем Ki=4/2=2 ммоль/л.

Ответ. 2 ммоль/л.

Нулевой ингибитор

Условие. Vmax=60, Km=3 ммоль/л, [S]=6 ммоль/л, [I]=0. Найдите v.

Решение. α=1. v=60·6/(3+6)=40, в единицах Vmax.

Ответ. 40; получена исходная кривая Михаэлиса — Ментен.

Дополнительные источники

  • https://interactivetextbooks.tudelft.nl/biochemistry/content/Chapter_4_Enzyme_regulation.html
  • https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Biochemistry/Supplemental_Modules_%28Biochemistry%29/6._Lab_Notes_Part_2/6.2%3A_Enzyme_kinetics

Связанные формулы

Химия

Механизм Линдемана: зависимость константы от давления

$k_{obs}=\frac{k_1k_2[M]}{k_2+k_{-1}[M]},\qquad v=k_{obs}[A]$

В механизме Линдемана молекула сначала активируется столкновением, затем либо образует продукт, либо теряет энергию. Квазистационарное приближение даёт константу, растущую с концентрацией третьего тела и выходящую на высокобарический предел.

Химия

Уравнение Эйринга: энтальпия и энтропия активации

$k=\kappa\frac{k_BT}{h}\exp\!\left(\frac{\Delta S^\ddagger}{R}\right)\exp\!\left(-\frac{\Delta H^\ddagger}{RT}\right)$

Уравнение Эйринга связывает константу скорости с термодинамическими параметрами переходного состояния. Для реакции первого порядка множитель kBT/h имеет единицус⁻¹, а график ln(k/T) против 1/T позволяет оценить энтальпию активации.