Химия / Химическая кинетика
Уравнение Лайнуивера — Бёрка для ферментной кинетики
Уравнение Лайнуивера — Бёрка преобразует гиперболическую зависимость начальной скорости ферментной реакции от концентрации субстрата в прямую в двойных обратных координатах. По её наклону и пересечению с осью находят параметры модели.
Формула
Схема показывает наклон и пересечение с осью; числовая шкала не задана.
Обозначения
- $v₀$
- начальная скорость, моль/(л·с)
- $[S]₀$
- начальная концентрация субстрата, моль/л
- $Vmax$
- предельная скорость, моль/(л·с)
- $Km$
- константа Михаэлиса, моль/л
Условия применения
Используются начальные скорости и положительные концентрации субстрата; при данной температуре, pH и концентрации активного фермента данные должны описываться уравнением Михаэлиса — Ментен. Vmax и Km считаются постоянными на рассматриваемом наборе измерений.
Ограничения
При нулевой концентрации и нулевой скорости обратные величины не определены. Обращение усиливает влияние ошибок малых скоростей; простая линейная регрессия обратных величин может сместить оценку параметров. Прямая сама по себе не доказывает отдельный молекулярный механизм.
Подробное объяснение
Начальная скорость в модели Михаэлиса — Ментен равна v₀=Vmax[S]₀/(Km+[S]₀). Взяв обратные величины при ненулевых [S]₀ и v₀, получаем 1/v₀=(Km/Vmax)(1/[S]₀)+1/Vmax. Это алгебраическое преобразование той же модели, а не независимый закон реакции.
Обозначим x=1/[S]₀ и y=1/v₀. Тогда наклон прямой равен Km/Vmax, а пересечение с вертикальной осью равно 1/Vmax. Если продолжить прямую в область отрицательных x, пересечение с осью x равно −1/Km. Отрицательная концентрация при этом физически не измеряется: это математическая экстраполяция.
Для получения параметров из коэффициентов y=mx+b сначала вычисляют Vmax=1/b, затем Km=m/b. Единицы тоже преобразуются: при скорости в мкмоль/(л·с) ордината имеет единицу л·с/мкмоль, а абсцисса при концентрации в мкмоль/л — л/мкмоль. Оба параметра нужно вернуть в исходные единицы.
График полезен как иллюстрация изменений наклона и пересечений при сравнении условий, но точки с малой концентрацией и скоростью после обращения оказываются далеко от начала координат и сильно влияют на прямую. Поэтому для реальных измерений следует анализировать остатки и подбирать исходную гиперболу с учётом неопределённости.
Если скорость зависит от нескольких субстратов, фермент теряет активность или наблюдается кооперативность, прямая этой формы может не описывать эксперимент. В таком случае корректна модель конкретной реакции, а не механическое продление линии.
Как пользоваться формулой
- Измерьте начальные скорости при нескольких положительных концентрациях субстрата и одинаковых условиях опыта.
- Проверьте, что модель Михаэлиса — Ментен подходит данным, а скорость и концентрация заданы в согласованных единицах.
- Для каждой точки вычислите x=1/[S]₀ и y=1/v₀; нулевые значения в этот график не подставляют.
- По прямой y=mx+b найдите положительный отрезок b и наклон m, указав единицы обоих коэффициентов.
- Вычислите Vmax=1/b и Km=m/b; оцените влияние разброса и при необходимости подберите исходную гиперболу.
Историческая справка
В 1913 году Леонор Михаэлис и Мод Ментен исследовали кинетику инвертазы и связь начальной скорости с концентрацией субстрата. Перевод и повторный анализ их работы показывают, что исследователи изучали также временные ряды и влияние продуктов, а не только одну современную прямую.
В 1934 году Ханс Лайнуивер и Дин Бёрк опубликовали в Journal of the American Chemical Society работу о графических способах определения констант ферментных систем. В авторском воспоминании описаны преобразование кинетических уравнений и экспериментальные примеры. Позднее двойной обратный график закрепился в учебной практике как простой способ представить параметры прямой.
В собственном воспоминании 1984 года Лайнуивер подчёркивал, что преобразование меняет вес ошибок экспериментальных точек. Это существенно для современного анализа: графическая форма полезна для понимания модели, но доступность численного подбора позволяет оценивать параметры по исходным скоростям без обязательного обращения данных.
Историческая линия формулы
Двойную обратную форму связывают с публикацией Ханса Лайнуивера и Дина Бёрка 1934 года. Она преобразует более раннюю зависимость Михаэлиса — Ментен; сама прямая не устанавливает, что константа Михаэлиса всегда является константой равновесной диссоциации.
Пример
Для учебного фермента измерены начальные скорости при постоянном pH. В двойных обратных координатах получена прямая y=0,5x+0,1, где x выражен в л/ммоль, а y — в л·с/ммоль. Найдём Vmax и Km. Пересечение b=0,1 л·с/ммоль, поэтому Vmax=1/0,1=10 ммоль/(л·с). Наклон m=0,5 с, следовательно Km=m/b=0,5/0,1=5 ммоль/л. При [S]₀=5 ммоль/л исходная модель даёт v₀=10·5/(5+5)=5 ммоль/(л·с). Проверим на прямой: x=1/5=0,2 л/ммоль; y=0,5·0,2+0,1=0,2 л·с/ммоль. Обращение даёт ту же скорость 5 ммоль/(л·с). Значение Km совпадает с концентрацией половинной предельной скорости, как и должно быть в принятой модели.
Частая ошибка
Нельзя считать отрезок b самим Vmax: он равен обратной величине. Наклон m не равен Km, его нужно разделить на b. Отрицательный отрезок оси x не означает отрицательную экспериментальную концентрацию. Обращение малой скорости увеличивает разброс; прямая по преобразованным точкам не заменяет анализа ошибок исходных данных.
Практика
Задачи с решением
Параметры по прямой
Условие. На графике y=2x+0,25; x выражен в л/ммоль, y — в л·с/ммоль. Найдите Vmax и Km.
Решение. b=0,25, m=2 с. Vmax=1/0,25=4 ммоль/(л·с), Km=2/0,25=8 ммоль/л.
Ответ. Vmax=4 ммоль/(л·с); Km=8 ммоль/л.
Скорость по параметрам
Условие. Для фермента из примера найдите начальную скорость при [S]₀=15 ммоль/л.
Решение. v₀=10·15/(5+15)=7,5 ммоль/(л·с).
Ответ. 7,5 ммоль/(л·с).
Дополнительные источники
- https://goldbook.iupac.org/terms/view/11546/plain
- https://chem.libretexts.org/Bookshelves/Analytical_Chemistry/Analytical_Chemistry_2.1_by_David_Harvey/Analytical_Chemistry_2.1_%28Harvey%29/13%3A_Kinetic_Methods/13.02%3A_Chemical_Kinetics
- https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3381512/
- https://garfield.library.upenn.edu/classics1985/A1985ACS2100002.pdf
Связанные формулы
Химия
Уравнение Михаэлиса–Ментен для начальной скорости
Уравнение Михаэлиса–Ментен описывает начальную скорость ферментативной реакции через предельную скорость, концентрацию субстрата и параметр Km.
Химия
Конкурентное ингибирование: кажущийся Kₘ и неизменный Vmax
В простой модели обратимого конкурентного ингибирования субстрат и ингибитор взаимно исключают связывание со свободным ферментом. Кажущийся Kₘ возрастает вα раз, а предельная скорость Vmax сохраняется.
Химия
Интегральный закон скорости реакции первого порядка
Интегральный закон первого порядка связывает текущую концентрацию реагента с начальной концентрацией, константой скорости и временем. Он позволяет восстановить c, k или t по трём известным величинам.